Состояние окружающей среды на территории заказника Черноголовский определяется многолетним воздействием очистных сооружений поселка, дороги Черноголовка Стромынь, постоянной нагрузкой, связанной с использованием заказника как места массового отдыха населения, браконьерской охоты и внедорожной езды. Северная граница заказника нарушена дачными кооперативами «Радуга», «Обухово» и «Орбита -1». Основным антропогенным воздействием на участке 2 является рекреация. Большинство отдыхающих концентрируется по берегам озера Северного. Негативное воздействие рекреации на природные комплексы смягчается за счет создания инфраструктуры: автостоянка, пункты сбора мусора. Очистные сооружения граничат с территорией заказника. Активные илы накапливаются рядом с очистными сооружениями и содержат запредельные количества тяжелых металлов (см. карту)
На карте отражен cуммарный показатель загрязнения, который определяется как сумма отношений содержаний исследованных тяжелых металлов к их фоновому содержанию (с некоторой поправкой). Согласно инструкций при величине показателя 32-128 уровень загрязнения высокий, происходит увеличение общей заболеваемости среди часто болеющих детей, детей с хроническими заболеваниями, нарушение функционального состояния сердечно-сосудистой системы. При показателе больше 128 происходит увеличение заболеваемости детского населения, нарушение репродуктивной функции женщин (увеличение токсикоза беременности, числа преждевременных родов, мертво рождаемости, гипотрофии новорожденных).
На загрязненной территории пока никто не живет. Неприемлемый уровень загрязнения отвечает яркожелтому цвету на карте (интенсивность ниже красного). В поселке такой уровень загрязнения встречается редко. Что особенно плохо, илы в пруде отстойнике также опасно загрязнены тяжелыми металлами. Разрушение плотины в начале века привело к попаданию этих илов в р. Загребка и вымиранию фауны (особенно водной полевки) ниже по течению. Пруд нуждается в очистке. А это пятна ртути в районе С.Озера.
